复旦大学附属金山医院是一所专业科室设置齐全、医疗设备先进，集医疗、教学、科研、预防为一体的三级综合性医院。医院设有36个专业学科，19个病区、30个临床科室、12个医技科室，设有特需医疗部。另有职业病防治所、金山区眼病防治所。医院有原上海医科大学重点建设学科2个（职业病科及烧伤整形科）；金山区医学领先专业重点学科3个（神经外科、心血管内科、耳鼻喉科）、金山区医学领先专业特色学科3个（泌尿外科、放疗科、职业病科（化学伤害救治））。神经外科是上海市华山神经外科（集团）医院金山分院，该科不仅能够抢救各种重型颅脑损伤，还开展了多种颅脑肿瘤的根治手术，其中扩大中颅底入路手术为颅底肿瘤的根治开创了新方法。成功完成高血压脑出血的微创手术30余例，学科技术水平跻身市先进行列。耳鼻喉科，在耳显微外科、头颈肿瘤外科手术（包括功能重建手术）、鼻内窥镜手术及畸形纠正手术方面有一定特色，医疗技术已达到市先进水平。烧伤科是上海西南地区及浙东地区的烧伤治疗中心，大面积烧伤的抢救技术达到了上海市先进水平。烧伤面积达50～89%的抢救成功率为90%以上。烧伤面积达90%以上的抢救成功率为50%以上。作为上海市规模较大的重症监护病房在危重病人和严重复合伤临床救治具备较为丰富的经验。由职业病科、烧伤科、急救中心和化工区医疗中心强强联手组建的化学伤害医疗救治中心作已形成医疗救治、基础与临床研究相结合的临床研究中心。泌尿外科以介入放射治疗和腔内微创外科为特色,可开展肾癌、肾外伤严重出血病例的介入放射治疗、输尿管镜治疗输尿管结石、汽化切割治疗膀胱肿瘤等手术。普外科以微创外科为特色，近年来先后完成了近30种腹腔镜手术，在国内率先开展了内镜辅助的甲状腺切除术和手助的腹腔镜脾切除术。